被業界和媒體熱門吹捧的噴墨印刷的環保性近遭受了嚴重的質疑。所有使用水性墨水通過噴墨方式印制的產品，在循環利用方面都存在著一些問題：造紙廠回收廢紙，準備進行脫墨處理去制造新的、白凈的紙時，染料和細小的顏料無法去除。
　　
　　根據INGEDE（脫墨工業協會）的有關報道，2010年，國外某家生產高質量再生紙的企業回收了部分采用某品牌機器印制的照片書，結果由于再生漿無法完成脫墨處理，導致企業耽誤生產8個小時，由此造成的損失超過10萬歐元。自此以后，由該機器印制的過量產品，被該造紙廠剔除出了印刷用紙的回收鏈，被單獨收集和處理。
　　
　　其結果就是：紙張纖維變成灰色，造紙廠需要為達到質量要求而奮斗。特別是染料型的墨水，這個問題更嚴重，因為一點點的染料就可以改變紙漿的顏色，比如一點紅顏色就可以讓整個漂白漿變成粉色。按照INGEDE的報道，目前沒有一種染料型的墨水可以在紙張回收再利用中實現脫墨處理，這種墨水也是現在市場中的主流產品，占據絕大多數的市場份額。
　　
　　而INGEDE特別強調，該報道并非針對誰，事實上，幾乎所有使用水性墨水通過噴墨方式印制的產品，在循環利用方面都存在著一些問題：造紙廠回收廢紙，準備進行脫墨處理去制造新的、白凈的紙時，染料和細小的顏料無法去除。
　　
　　綠色印刷、環保印刷應該是一個完整的系統工程，而不是頭痛醫頭腳痛醫腳，注意了某個環節的環保性能和環保指標而忽略其他的環節。如果不能對環保進行綜合考慮，很可能貌似是環保了，但其實是污染的轉移。就像使用染料型水性墨水進行印刷，如果造成使用后的紙張無法回收，那么后期造成的浪費以及由此帶來的不環保，遠遠無法抵消水性墨水帶來的那一點點VOC排放方面的優勢。其終的綜合結果反而可能是更不環保。
　　
　　不過，目前已經有很多制造企業意識到了這個問題，開始著力開發新的技術，以便讓噴墨墨水更容易實現脫墨處理。